Desde que en el año 2006 se destapara la trama de la Operación Puerto, Alejandro Valverde ha estado vinculado por la Unión Ciclista Internacional (UCI) constantemente con esta red de dopaje a pesar de que las autoridades españolas negaron su implicación desde el principio. Hasta que se hizo efectiva la sanción por dos temporadas para el murciano en 2010, la UCI estuvo atormentando a Alejandro por todos los medios, lanzando acusaciones en la prensa, tratando de prohibirle correr el mundial en varias ocasiones y llevando el caso hasta el Tribunal de Arbitraje Deportivo (TAS).
Fueron los años más duros en la vida de Valverde, donde todos los focos estaban puestos sobre su figura, donde era el corredor más controlado por las agencias antidopaje pero también donde el ciclista seguía sumando éxitos a su palmarés. Demostraba así que no necesitaba de suplementos dopantes algunos ya que fue mejorando su rendimiento con el paso de los años.